業務系プログラマーとWeb系プログラマーで求められているスキルは詳細をつめていくと大きな違いがあります。Web系プログラマーの場合にはウェブに関する全般な知識が基礎として必要とされますが、プログラミングスキルについても大抵はPHPが必須です。それに加えてJavaやjavascript、Rubyなどを求めることが多くなっています。
これに対して業務系プログラマーは職場によってスキルの要求に大差があるのが特徴です。開発しているシステムの種類と顧客にしている業界によって求められるスキルが異なっています。一般的に言うことはできないものの、その企業のシステム開発に用いられている主要なプログラミング言語を一通り使えることが必須であり、それに加えて顧客としている業界についての業界知識が求められているのが基本です。
顧客としている業界の出身者であればプログラミングスキルが低くても転職者を受け入れる傾向もあり、顧客とのつながりを重視する傾向があります。これは業務系プログラマーが活躍している企業では顧客と長い付き合いをすることが基本になるからです。
それに対してWeb系の場合には一度きりの開発依頼ということも多く、依頼してくれる業界も多岐に渡っているため個々の業界知識についての要求はあまり高くありません。その代わりに速やかに顧客の要望を理解してWeb構築につなげられる柔軟性が求められることが多くなっています。